高旻寺之名，为康熙四十二年第四次下江南，南巡时清圣祖玄烨所赐。康熙四十三年御制《高旻寺碑记》中说：“朕自三十八年奉皇太后鸾舆偕行，晨昏侍养。视河既毕，勉从舆请，济江而南，览吴会民生风俗。见茱萸湾塔岁久寝圮，联欲颁内帑略加修葺，为皇太后祝厘。而众商以被泽优渥，不待期会，踊跃赴功，庀材协力，惟恐或后，不日告竣。旧刹式廊鼎新，壮严宏敞，兼以？飞杰阁，凭高四眺，临大江，通南北。因书额赐之曰：高旻寺。勒文于石，垂示久远。”