南京灵谷寺两位往生法师善后处置小组２１日携带两位法师的骨灰，由台湾返回南京。宗教界人士表示，此次意外命案不会影响两岸宗教交流。

    由南京市佛教协会组织的处置小组于１８日下午启程赴台。处置小组顾问、南京市民族宗教事务局局长朱淮宁表示，包括两法师亲属在内的处置小组先后听取了邀请方台湾玄奘文教基金会关于净然法师率领的交流团在台活动情况的介绍，听取了警方关于案情的介绍等，认为警方的调查全面，尊重警方的意见，家属没有异议。同时，家属还配合台湾的警检单位，完成了遗体指认、解剖等工作。

    １４日晨，净然、纯如两名法师在台湾新竹市郊区一家饭店被发现意外身亡。他们是应台湾玄奘大学创始人、台湾善导寺住持了中长老的邀请，于１月１２日赴台参加宗教交流活动的。警方表示，净然法师是在室内被金属击打而亡，纯如法师是跳楼而亡，现场录像等显示案发时没有第三者。２０日，两位往生法师的告别仪式在新竹市羽化馆举行。仪式结束后，两位法师的遗体在羽化馆火化。

    此次意外事件发生后，两岸相关部门积极妥善处理。台湾海基会于案发当日接获通报后，全权协助处理相关事宜。海基会启动了紧急协处机制，除联系台湾邀请单位了解事件状况外，也即时通报大陆海协会，并代向家属表达慰问之意。新竹市政府也表示，基于新竹市与南京市的友好关系，愿意统筹两位法师的丧葬事宜，由玄奘基金会具体办理。

    南京市宗教界人士表示，近年来，随着两岸民间交往的深入，两岸宗教界交流也十分活跃，许多大陆佛教、道教及民间团体组团赴台交流，密切了两岸宗教界人士的联系。２００２年６月，西安法门寺佛指舍利赴台供奉，沿途岛内数百万信徒夹道膜拜，成为两岸佛教交流的新起点。

    随着两岸宗教交流的日益频繁，两岸信徒对两岸关系的发展起到积极推动作用。从目前各方反应看，灵谷寺僧人命案只是意外刑事案件，不会对大陆和台湾的宗教交流造成不利影响。