13世纪左右，原有的孟加拉佛教已经衰微。但是有一些原来居住在中印度比哈尔地区的摩谒陀国佛教徒为了躲避异教徒的迫害，长途跋涉迁徒孟加拉，定居于吉大港山区。他们属藏缅语族的少数民族，自称释迦族后裔，但学术界一般称为查克玛族。现代的孟加拉地区和缅甸接壤，因此一些有缅甸血统的民族，约与查克玛族同时徒居此地，被称为马尔玛族、拉凯因族和波曼格族。他们都是一些虔诚的佛教徒。这些新到来的佛教徒与当地的印度教徒长期相处，受以印度教的影响，吸收了一些印度教的神祗和仪式。同时，伊斯兰教的影响和势力逐渐增强，最终成为孟加拉的最大宗教，印度教和佛教成为少数派宗教。
18世纪孟加拉佛教开始复兴，一些僧人纷纷到邻国缅甸礼佛求学。旃德罗约迪长老是近代最早去留学的僧人，曾对孟加拉佛教的复兴起过重要作用。1887年僧科里帕色纳在吉大港创立"孟加拉佛教协会"，同时，外地来孟加拉的僧人沙拉米特拉也在此宣教。统一的僧伽开始分裂，出现了几个不同的佛教派别。1947年英国政府对南亚次大陆实行分治政策，孟加拉地区被分为二部分，一部分地区属于印度西孟加拉邦，吉大港山区划归巴基斯坦，孟加拉佛教成为巴基斯坦佛教，亦称为东巴基斯坦佛教，进和了一个新的时期。
东巴的佛教组织成为巴基斯坦的主要佛教中心，代表巴基斯坦佛教参与世界佛教组织的活动。1947年威苏特难陀长老创立了东巴佛教文化宣教会，总部设于达卡。原来的印度孟加拉邦佛教协会也一分为二，独立的孟加拉佛教协会从中分出，总部仍设在吉大港。从此，东巴的佛教即由上述两大系统组成。前者地处东巴首府，与政界关系良好，从1950年起就派人参加世界佛教徒的活动与会议，在国外颇有影响。后者活动于佛教徒聚居区在教徒中颇有势力。巴基斯坦宪法规定国家顾问委员会中有佛教一个名额，政府每年补助佛教界一万卢比。但是，由于佛教徒和印度教徒在巴基斯坦居于少数地位，并和居于多数地位的穆斯林不断发生宗教纠纷，特别是吉大港山区信仰佛教的最大部族--查克玛族始终反对政府把穆斯林迁徒到该区定居，因此佛教徒往往和印度教徒站在一起反对政府，为独立后的孟加拉国内种族、宗教纠纷埋下了伏笔。
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